第二部分
继续探索各个房间，在最底部会有一个採收园机器(Gatherer’s Garden)，当玩家接近机器时会触发一段对话。对话结束后，玩家就能调查採收园并获得一罐基因药水，把它注射在Big Daddy的体内后，就能获得施展改造基因的技能──电击(Electro Bolt)。向敌人施展Electro Bolt时，可以暂时瘫痪敌人的行动，因此玩家可以藉此机会把敌人给撂倒。
获得Electro Bolt技能后，玩家就可以回头走到原本进来这个房间的门口，不过此时大门是关闭的，只要朝著一旁的开关施展Electro Bolt，就能让大门再度开啓。
回到「Therapies」霓虹灯的广场，这裡会有几名移接人正等待Big Daddy的前来，只要善用Electro Bolt技能让他们动弹不得，就可以来个瓮中捉鳖。接下来只要朝著一旁的发电机发光的位置，施展Electro Bolt恢复电力，就能继续下一个任务。
恢复电力后，玩家会与名为Tenenbaum的女子通话(玩过前作的人应该对这个名字很熟悉)，她急需Big Daddy的协助，并要他前往火车站找她。通话结束后，画面上方会出现一个箭头指示，它会引导玩家走到火车站，找到Tenenbaum。
沿著箭头指示前进，在路途上会遇到几名移接人的阻碍，此时可以尽量朝著水面施展电击技能，就能节省一些子弹、用来对付后头更难缠的敌人。除此之外，玩家会在一道被卡住的大门下，取得一把超级好用的钉枪。顾名思义，这把钉枪所使用的子弹需要从游戏场景裡捡取，或者是到贩卖机裡购买。钉枪的子弹在游戏初期略显不足，因此玩家必须节约使用，避免弹尽援绝。
继续朝著箭头指示的方向前进，玩家会在大厅遇到极难对付的大姐姐(Big Sister)，她的身手敏捷，并且具有很高的杀伤力。如果玩家只顾著与她正面对决，很容易就会消耗掉大量的医药包与弹药。第一次遇到大姐姐时，玩家只需拿起电钻并任由她攻击即可，当玩家的血量所剩无几时，大姐姐自然就会逃跑。
朝著大姐姐逃跑的路线追过去，玩家会在走廊的底部再次遇到大姐姐，她会打破正前方的玻璃牆，让海水全部都灌进来，并且淹没Big Daddy。然而Big Daddy可是会潜水的，朝著箭头标示前进，就可以在尽头搭乘电梯到下一关。特别要提醒玩家的是，路途上也有不少补给品待玩家挖掘，只要仔细调查所有的抽屉与箱子，都可以获得一些实用的物品。
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