二
第六话：哀战士?Battle in Odessa
本关是与“青色巨星”队和“沙漠之虎”队的决战，我方的小队配置最好是和上一关相同。
开战后，建议先攻击兰巴队，由阿姆罗击倒兰巴后会发生剧情，兰巴自尽而亡(如果在击倒兰巴之前先击到他的妻子哈蒙(敌母舰)的话，可以进入EX第二关)。沙漠之虎方面，由吉良将安多留击倒后也会发生剧情。将敌人消灭到一定数量以下的时候，在地图中央的湖下方，黑色三连星会带着四队扎古增援，让阿姆罗攻击黑色三连星小队的话会发生剧情，玛奇露达为了掩护阿姆罗而被黑色三连星杀死，而阿姆罗也在这个时候击毙了三连星中的马修。事件后，三连星的其余两人撤退，可以放心打扫战场了。
战斗结束后收到消息，雷比尔将军已经成功拿下奥德塞，吉恩军的玛?库贝司令(マ=クベ)逃往宇宙。同时，雷比尔将军将AA队和WB队编成为第十三独立舰队，并任命AA为旗舰(终于，0079被SEED完全压过了……)，玛琉为舰队的总指挥。这时警报响起，原来吉恩军已经开始了加布罗攻略作战，在空中更是出现了由爱娜(アイナ)驾驶的MA阿布萨拉斯(アブサラス)……
Ex第二关：战斗只能加深仇恨?A song of hate they hear……
安多留的情人爱沙为了给安多留报仇而带队来袭。在第二回合会有两部敌机增援，让吉良攻击爱沙会有对话，第三回合结束时，哈蒙会驾驶着装满了炸药的陆上战舰出现欲撞击WB，现在玩家的首要目标就是要击毁哈蒙的战舰。将敌人全灭后，吉恩军的残党也投降了，但是突然出现的联邦军的巴斯克却让强化人零将投降的吉恩军消灭，玛琉舰长看不过，决定让吉恩军的人先逃跑，而由我方舰队来拖延时间。此时的任务目的是拖延时间到八回合以后，不过巴斯克的战舰会一直冲向前来，玩家如果想快点解决的话直接将战舰击毁就可以了。
第七话：突袭加布罗?Jabro raided
阿鲁夫元士制造好了高达BD3，并将其交与勇。在地面上打得热火朝天时，夏亚正率队偷袭加布罗的地下港。
本关一开始敌人出现在地图的右下角，在正式开始战斗后，尼姆巴斯偷取了高达BD2在地图的右方出现。而乘上了BD3的勇也已经出击，当然对付尼姆巴斯的最好方法就是让勇发动EXAM后用特技攻击。第二回合开始后08小队的西罗(シロ—)带队在地图左方出现增援。将敌人消灭到一定数量的时候，爱娜乘坐着MA布萨拉斯出现在地图左下方，同时黑色三连星的剩余两位也驾驶着新型的MS加入战斗。当夏亚攻击WB的时候会发生剧情，伍提为了掩护WB而被夏亚杀死，而塞拉和夏亚交战后双方可以交信。击退爱娜后，西罗和原著剧情一样追击阿布萨拉斯而去，全灭敌人后，总部也传来了撤退命令，原来加布罗已经完全失守了，众人正要离去时，那该874的福罗斯特兄弟又出现了，不但自身乘坐着高达，还带来了一批阿布萨拉斯……
此时玩家的任务就是要让AA逃离到地图下方区域，玛琉舰长会指示出来，接着就是……逃吧……
其实大家可以趁这个时候抓一两部阿布萨拉斯回家的，这可是好东西啊~~~~只要小心欧鲁巴(オルバ)的攻击就行了，其他的敌人都是用远程攻击的，可以利用散开来回避。
一行逃出加布罗后，加布罗便被吉恩军完全占领，地球联邦陷入了非常不利的境地，雷比尔将军只好率部撤离到澳洲继续指挥反抗作战。虽然这里有新型的战舰和MS，但吉恩军的魔爪也已经伸到了这里……
第八话：强夺高达?Encounter in two soldiers
在联邦军新型战舰阿鲁比安(アルビオン，以后简称ARU)停靠在基地内的时候，吉恩军的王牌机师--有着“所罗门的恶梦之称的阿纳贝尔?卡特(アナベル=ガト—)潜入基地内并成功夺取了搭载有核弹头的最新试制MS-高达GP-02，在他夺得机体的同时，联邦军的士浦木 宏(コウ=ウラキ)发现了此情况，便随即搭乘上同样是新型试制MS的高达GP-01欲阻止卡特。
本关开始便是宏和卡特的单挑，把宏的ID全用上吧，不出差错的话两次攻击就能解决掉GP-02，不过在卡特强大的实力下(其实是像小强一样复活了……)，宏还是没能阻止得了他。在卡特撤退后，吉恩军的掩护部队登场，巴尼(バ—ニイ)也在其中。这回的敌人数量比较多，而我们的独立舰队又不能马上出击，在基地中担任试飞员的克丽丝(クリス)怕宏一个人应付不过来，便乘上高达NT-1出击。一开始先不要过去攻击敌人，让敌人先靠近，等第三回合开始主舰出击后在让大伙儿一起上，如果上关有捕捉到阿布萨拉斯并改造出阿布萨拉斯3的话，就能利用直线型的地图武器攻击将大部队的敌人分散开来，这样就比较容易击倒敌人了，敌人中有几部水战MS，如(ズゴックE、ハイゴッグ),质量还是不错的，抓一两部来吧。当克丽丝和巴尼交战的时候他们会有对话，然后用克丽丝击倒巴尼就可以救得到他。全灭敌人后即可过关。
过关后会有数名新的机师补充，总算是陷入人多位子少的局面了……一名自称卡缪(カミ—ユ)的年轻人出现，他就是将基地内的情报出卖给吉恩军的联邦军士官福兰克林(フランクリン)的儿子。他要求加入我方但是却遭到玛琉舰长的拒绝。随后，ARU舰长西拿普斯(エイパ—=シナプス)决定开始追击卡特。
第九话：热砂的攻防战?For Zeon,For glory
ARU队找到了吉恩军的基地，此时卡特正准备和GP-02一起上宇宙，于是西拿普斯舰长下令ARU队先行开始进攻。
初期敌人不是很多，但是敌人在攻击时大都会使用ID，且我方一开始的人数较少，最好不要马上就冲上去。第二回合结束后，卡缪的父亲会驾驶着红色角马来进攻我方，同时卡缪也从机库里偷乘高达MK2出击阻止父亲。在第三回合，AA和WB赶到，同时敌人也会派出增援。这时可以放心进攻了。让卡缪和他父亲交战会有对话，但是不要将其击倒，下一回合开始后，东方不败会出现，将卡缪父子好好教训了一顿后，出手将卡缪的父亲打倒，并让徒弟多蒙(ドモン=カッシュ)将其绑到AA上，随后两人即加入战斗。在我方母舰接近吉恩军基地(也有可能是第四回合开始后我方行动后)时，卡特终于不忍丢下同伴不顾而驾机出击，而吉恩军的基林(キリング)中佐却不愿干这傻事而离去。击倒卡特后就可以回收GP-02(但是用不到……)。
战斗结束后，东方不败师徒来到AA上，东方不败想把弟子留在舰队里“体验生活”，西拿普斯舰长怕麻烦就把一切都推给玛琉舰长自己却跑了……盛情难却，玛琉舰长只好留下了多蒙，同时康复后的巴尼也加入队伍中。
此时，在宇宙，基林中佐正为了将核弹头带了出来而暗暗高兴，没想到却接到了有一部不明身份的MA接近的报告……而飞翼零已经瞄准了目标……
后篇：穿过宇宙的流星?The 3rd "GUNDAM" appears
此关乃希罗的个人秀，基林派出的MS根本就不能和零式相匹敌。解决了敌人后，希罗又收到的新的任务，向着目的地而去……(如果四回合内能过关，就能进入Ex第三关)
为了夺回加布罗基地，第十三独立舰队被编入加米托夫准将的心腹---巴斯克的部队中，这时众人才得知原来加米托夫已经取代了雷比尔将军的位置。西罗因为在撤出加布罗基地后和敌军的爱娜在一起而被怀疑是间谍，为了洗清自己的嫌疑，他要求下一次战斗时一定要让他出击，同时在吉恩那边边，爱娜也同样因为曾和联邦军的西罗在一起而受到她的哥哥基尼阿斯(ギニアス)的责怪。这时在宇宙中，阿斯兰也作为ZAFT的增援而被派遣到加布罗基地。
Ex第三关：和高达相会的日子?Boys meet "G"
OZ袭击了西布克所在的城市，因为西布克的母亲是高达F91者，所以联邦士兵想让他看看能不能启动F91，没想到真的成功了，于是西布克就驾驶着F91单枪匹马出击迎敌。在第二回合，伍索看见OZ在城市里引发战斗后十分气愤，居然爬上敌人的MS将机师打出来后乘上了敌方的MS，西布克感应到那部MS并不是敌人后便让伍索与其会合。第三回合我方舰队登场，而刚才被伍索打落的敌BOSS也重新带兵上场。将敌两BOSS都消灭后，希罗和泽古斯两人出现且泽古斯想要和希罗分个身负，不过在希罗强大的火力下……全灭敌人后就可过关。
西拿普斯舰长正在责怪联邦士官随随便便让外人接触军部机密，而玛琉舰长却说这事交由她处理就好了，而西布克也有加入我方的意思。伍索为了寻找自己的父亲也加入了舰队。
第十话：震动的大地?Darkness crawl
夺回加布罗的作战已经开始了，第十三独立舰队奉命在加布罗地下港吸引敌军注意力好让联邦主力部队能够顺利攻下加布罗。进入地下港后，吉恩军已经摆好了阵势准备欢迎我军……
本关最好让三个部队都从左边进攻，西罗已经出击。吉良可以在和敌军中的阿斯兰交手后与其交信，但是两个人都说服不了对方，用吉良击退阿斯兰可以得到奖励。敌军中的诺里斯(ノリス)在被打倒后还会再复活一次，然后再用西罗击倒他就会发生剧情，西罗在被诺里斯重创后仍不放弃，坚信自己一定要见到爱娜而拼死向诺里斯发起攻击，在最后一刻，诺里斯终于知道眼前的对手就是爱娜所思念的人……
消灭全部敌人后，基尼阿斯和爱娜驾驶着完成了的阿布萨拉斯3出现，同时巴斯克也在加布罗地下设置好了独眼巨人系统(サイクロブス)，想将吉恩军和第十三独立舰队一网打尽。当敌人开始行动后，阿鲁夫元士发觉了这一情况，原来是加米托夫为了在夺回加布罗后顺便削弱雷比尔将军的力量而搞的鬼，这次参加进攻的也差不多都是原雷比尔将军的部队。知悉了这一情况后，西拿普斯舰长决定尽快消灭剩余的敌人后再逃走。
在引发这一剧情前玩家们最好将己方部队往下放一点，因为阿布萨拉斯3的攻击力和命中都很高，万一被其击中后果不堪设想……将阿布萨拉斯3的HP打到快完时会发生剧情，爱娜因不同意哥哥的做法而被基尼阿斯枪击，随后愤怒的基尼阿斯向我军发起了猛攻(HP全回复)。再一次用西罗击倒他后，西罗和爱娜便会两人合力给予阿布萨拉斯3最后一击，终于将其消灭，可同时两人也卷入了爆炸中，幸好被桑达斯救回。
消灭了阿布萨拉斯3后战斗就会结束，我军正准备逃离的时候，又一次，那BL兄弟带兵挡在我军面前。希罗在此时及时赶到，消灭了挡路的敌军后带领舰队逃出了即将爆炸的加布罗……
逃出成功之后，众人正为以后该怎么办而着急，这时与希罗同来的J元士(ドクタ—J)出现在AA的舰桥通过J元士的话众人才知道，原来加米托夫已经和OZ勾结在一起了，吉良认为现在的目应该是致力于将战争本身消灭掉，于是玛琉舰长决定全舰队退出联邦军，以后的目标就是要尽力阻止战争。
第十三独立舰队经过数场恶战，迫切需要进行修理和补给，于是J元士就将舰队带往中立国奥布接受整修，而奥布的领导人伍兹米(ウズミ=アスハ)也希望AA舰队能将战争结束回复和平。独立舰队补给整修完后利用奥布的质量加速器进入宇宙，而库鲁泽也在这个时候率舰队来袭。