三
第十一话：必须要与其战斗的东西?Their goal has not seen,yet
在上一关结束后是没有进入编成画面而直接进入本关的。开始战斗后，我方只有AA一艘战舰，敌方同样
也只有一艘战舰。当勇开始行动后会发生剧情，BD3的系统似乎感应到了什么东西，这时也会在地图上用
红色区域标明，玩家所做的就是要让勇进入这个区域，然后会发生BD3暴走事件，随即BD3就消失了(进入EX第四关的条件)。将敌人消灭到只剩三四部机子的时候，亚赞(ヤザン)所带领的联邦军就会出现，万
万没料到的是他居然给库鲁泽带来了自由高达(フリ—ダムガンダム)，随后库鲁泽就换乘上了自由高达。
正当库鲁泽的部下对自己上司的行为感到不解的时候，库鲁泽对着自己的战舰开火了……
亚赞的机体是高达MK5，而且是可以捕捉的!只不过机率比较低，可能要多试几次才能成功。用卡缪
攻击亚赞、用吉良和穆攻击库鲁泽都会发生对话。击倒库鲁泽后他会离去，此时在地图下方居然又出现了
阿布萨拉斯3，原来是在加布罗被福罗斯特兄弟捡了回来并改造成了MA。爱娜见到此景不禁伤心地回想起了
自己的哥哥，而西罗为了亲手结束阿布萨拉斯的恶梦而驾机出击。
由于西罗的机体是陆战型，所以在宇宙里是根本动弹不得，而且阿布萨拉斯3的护卫MS也都较强，幸好
西罗的ID可以大大加强回避率，此时应该让AA接近吸引火力(敌人会以攻击AA为优先)，然后再慢慢料理
阿布萨拉斯。
本关出现了许多新型的MS，玩家们应该知道要干什么了吧?挑中意的带回家去吧……
过关后西拿普斯舰长来到，要求AA队回去联邦军，虽然西拿普斯舰长只是奉命行事，并且声明如不遵从
就要动用武力，玛琉舰长还是在严词拒绝后离开了。
由于勇驾驶着BD3失踪了，所以要派人去搜索。西罗为EZ-8不能在宇宙中战斗而苦恼不已，但是J元士
却信心满满地说有办法可以将EZ-8改装成宇宙战模式。
Ex第四关：被制裁的人?A girl in cage
勇在宇宙中找到了呼唤自己的东西，原来就是驾驶着BD2的尼姆巴斯，两人间的决斗不可避免地开始了……
本关一对一的决斗，玩家可以让勇发动EXAM后再攻击尼姆巴斯，应该很容易就能得胜。击倒尼姆巴斯后，他仍然没有放弃要打败勇的信念，BD2也发动了EXAM模式。此时我方母舰到达，尼姆巴斯为了不让自己的决斗被妨碍，派出四部MS来阻止我军。再一次用勇击倒BD2后发生剧情，疯狂的决斗以BD2被击破而宣告结束，BD3也因为损坏严重而爆炸(就这么没了……)，所幸勇被救了出来。在最后一刻，尼姆巴斯仍然不明白为什么EXAM没有选择自己而是选择了勇……
过关后回到舰上，阿鲁夫元士对勇说出了一切，原来EXAM系统是原吉恩军的库鲁斯特元士开发的用来对付新人类的人工NT系统，是将一名叫玛丽安(マリオン)的NT少女的思维脑波植入MS的电脑系统而形成的。当勇向玛丽安问起她为什么会选择自己时，玛丽安的回答是：只有勇一个人没有把她当成是一个系统来看待……
ARU号马上就要追上来了，难道非和自己人战斗不可吗……
第十二关：螺旋的邂逅?A battle no one wish
战斗还是不可避免地发生了，AA号被击中，引擎出了问题而无法动弹，西拿普斯舰长和布莱德舰长又一次劝玛琉舰长回心转意，但玛琉舰长还是拒绝了。身为军人，服从命令是天职，无奈之下，ARU队和WB队只得开始攻击AA队……
本关敌人有强大的MA--GP-03S，但是不能捕捉……尽可能快的将敌人的数目减少吧，因为本关也有EX关，进入方法是四回合内将敌人打至四部以下，可以利用飞翼零的全体攻击来给敌人造成较大的损伤(配合希罗的ID敌全体能力下降效果非凡)。
将敌人打到四部以下的时候，玛琉舰长下令停止战斗全员归舰，她认为再这样继续和同伴战斗是毫无意义的，西拿普斯舰长也决定不再追击。在这时候，一艘和AA号非常相似的战舰--主天使号(ドミニオン，以后简称DOMI)出现了，而舰长居然是娜塔鲁(ナタル=バジルル)!在巴斯克的命令下，主天使号将ARU和WB打成重伤，ARU和WB不得已撤退，玛琉舰长下令全军开始迎击新的敌人。
亚赞真的是一个很好的人啊，你看，他又带了一部MK5来孝敬我们了……照上次那样把他抓起来。将敌人打到只剩两机的时候，巴斯可命令强化人零?村雨出击迎敌，这时可以让AA靠近他并交信，阿鲁夫元士会说服零，零听了阿鲁夫元士的话后顿然醒悟，决定再不听巴斯克的指使而加入我军，全灭剩下的敌人后即可过关。
战斗结束后ARU队和WB队(其实现在主舰已经换成ア—ガマ了，所以以后改为AG队)复归，两舰长都觉得已经不能再继续听加米托夫一派的指使了，遂决定离开联邦军，并且还拥护玛琉舰长为新舰队的总指挥官。为了揭发OZ的罪行，J元士提议让雷比尔将军来发表演讲，可是雷比尔将军现在却被OZ软禁了，于是众人决定要先救出雷比尔将军，在那之前，要先到月面上的基地去进行修理和补给，所以舰队开始向月球进发。但是在半途中AA的推进剂已经见底了，所以就要到附近的殖民卫星“香格里拉”进行补充。
在机库中，罗兰看见了新制的粉色强袭高达，他以为吉良什么时候喜欢上了这种恶趣味的颜色，没想到却激怒了旁边的卡嘉丽，原来这部强袭是她的……
Ex第五关：香格里拉的少年?Young Newtypes
听说有联邦军的战舰要入港，捷多(ジュド—=アシタ—)就想和几个朋友一起到战舰上去偷一部MS来……潜入成功后，捷多在机库内发现了Z高达，正在欢喜的时候，高达X的主角-卡罗德(ガロ—ド=ラン)出现了，原来他也想来这里挣点外快，可惜却被捷足先登。正当两人开始争吵之时，阿鲁夫元士发现了他们，情急之下捷多乘上Z高达就跑，而卡罗德也紧追其后，布莱德刚想叫住两人，却发现三艘战舰都出了问题无法控制了，原来是捷多装置好的陷阱，偏偏此时玛?库贝又出现在此地……捷多和卡罗德只得暂时休战先对付共同的敌人……
一开始两人先向下移动，第二回合开始后阿姆罗和勇会来增援，同时玛?库贝也亲自驾机出击，和他一起出击的还有玛丽安(这回是本尊了……)。用勇和玛丽安交信后玛丽安就会加入我方，她的坐机丘贝蕾(キュベレイ)带有浮游炮(ファンネル)是非常强力的武器能远程攻击也能直接攻击且对象是敌整个小队。用阿姆罗击倒玛?库贝可以得到特殊奖励。敌军中的那部扎古3(ザクIII)记得要抓到手。
几个小偷被押到舰桥，捷多在妹妹莉娜(リィナ)的威胁下只好乖乖道歉，接着莉娜又命令捷多他们几个在舰上劳动以将功赎罪。穆对卡罗德的身手挺中意，遂邀请他留在舰上，卡罗德也爽快地答应了。J元士又设计好了EZ-8两种新的改造方案，玩家可以根据战况或是自己的喜好来改装。
补给完毕正要离去时，突然有求救信号传来，原来是玲(レイン=ミカムラ)乘坐的太空梭被OZ的部队攻击，多蒙一听到马上就驾驶闪光高达出击，玛琉舰长也下令全军跟上。
第十三关：月世界的门?Ambition of OZ
太空梭情况紧急，哈里(ハリ—=オ—ド)为了保护玲和她的父亲而单枪匹马出击，此时我军即时赶到，多蒙更是发动了明镜止水，誓不让OZ碰玲一跟毫毛。
本关敌人有三位强手，分别是OZ的“闪光伯爵”泽古斯?马其士(ゼクス=マ—キス)和那BT福罗斯特兄弟，不过在多蒙的闪光高达SUPER模式面前统统都不值得一提。一开始可以先让多蒙和玲交信。如果罗兰有上阵的话，让他和敌军中的ボゥ交战会有对话，击倒后她会再复活一次。哈里和泽古斯战斗的话会有对话(一个面具男一个眼镜男……)，希罗和泽古斯可以交信，之后再用希罗击倒他可以获得奖励点。将敌人全灭之后在左下方出现了吉恩军，而领军的居然是基尼阿斯，在加布罗之战中他在阿布萨拉斯3爆炸之前成功逃了出来，而且之后又开发了新型的MAグロムリン，今天他就是来试验的。随后基尼阿斯就离去了。
敌人的增援中有两部丘贝蕾，最好是将它们捕捉到，MAグロムリン在HP低下时会逃跑且不能捕捉，所以要用较强力的攻击将其击破。击倒グロムリン后它就逃走了。
战斗后哈里等人来到舰桥说明了被袭击的经过，原来是OZ袭击了月之民的居住地冯市(フォン?シティ)，并且囚禁了月之民的女王迪阿娜(ディアナ)，哈里只能带着玲和她的父亲逃出来，而且多蒙的父亲也被囚禁了。玛琉舰长于是决定要去营救出女王，并决定用舰队本队来吸引敌人注意力而派遣别动队前去救出女王。
第十四关：月之民?Help the queen,Diana
本关的敌人都带有I力场等护罩，对射击武器的防御能力很强，所以要尽量挑选格斗能力较好的机体出击。一开始的敌人并不是很强，用格斗攻击或是浮游炮类的武器就可以解决。
外头的战斗开始后，希罗等人成功潜入了冯市。众人正在通路前进时，诺因(ルクレイツィア=ノイン)出现并告知前方路上有守卫，并将众人带往女王的所在地。哈里不明白她为什么要帮助我们，诺因说这都是泽古斯指示她做的。第二回合开始后众人终于见到了迪阿娜女王。
第四回合开始后，罗兰驾驶着迪阿娜女王授予他的TURN A高达登场，迪阿娜女王也会转移到AA上，这时如果敌人中的フィル和ボゥ还存活的话，可以让AA和他们交信说得他们。同时泽古斯因不满OZ利用人质这种卑鄙的行为而加入我方，而诺因则带着迪阿娜女王先行归舰。同时新的敌人在左方出现，要注意的是ビルゴI带有可防御所有射击武器的护罩，所以一定要用射击以外的武器来攻击才能奏效。
清光地图后，敌人宣布投降。而福罗斯特兄弟早带着多蒙的父亲卡修元士到了宇宙，原来他们的目的是卡修元士正在研究中的ULTIMATE高达……
独立舰队的下一个目标是OZ的宇宙要塞巴鲁基(バルジ)，雷比尔将军正是被囚禁在那里，迪阿娜女王也会让自己的舰队加入战斗。此时J元士又带来一个好消息，现在机体可以进行二段改造了，只不过所耗费的金钱数目大得惊人，如果玩家金钱不够充裕的话，还是多多去索敌捕捉敌机来卖钱吧。
第十五关：巴鲁基攻防战?Challenge to OZ
本关开始布莱德舰长换乘新战舰ネェル?ア—ガマ。本关要让卡罗德上场。
当迪阿娜舰队引开大部分的敌人时，AA舰队从另一面开始进攻巴鲁基，OZ的狄鲁迈由(デルマイユ)似乎不以为然，只派出少数部队来迎击。消灭掉两队敌人以后，又会有新的MD(机动木偶)增援，而其中一部MD的作战方式引起了J元士等人的注意力，它的行动和希罗十分相似，J元士认为一定是OZ把W高达的战斗数据应用到MD身上了。击破这台特别的MD(H?Y)后它自爆了(这点还真是像希罗……)，狄鲁迈由又派出了三部X高达，其中的队长机更是立即用月光炮攻击AA，幸好AA即时闪过，这时卡缪和阿姆罗都感应到乘坐在X高达里的NT少女提法(ティファ)，J元士认为她是被OZ利用她的NT能力来通过FLASH系统控制X高达行动的，玛琉舰长就下令想法令X高达无法行动(将其打到快死，可以利用手加减的ID)并救出提法。卡罗德有上场的话，让卡罗德攻击提法会有对话。用卡罗德将X高达的HP打到差不多时
卡罗德就会突入X高达救出提法并且直接换乘上X高达。成功救出提法后福罗斯特两兄弟却出现了，他们当然不会让卡罗德带走X和提法，但是提法却协助卡罗德使用月光炮攻击两兄弟，两兄弟见势不妙就马上撤退了。这时雷比尔将军也成功地从要塞内逃了出来，不过狄鲁迈由公爵还是执迷不悟要顽抗到底。
将本关一开始的两名BOSS其中一名击倒后，两兄弟又出现了，并且将他们认为已经没有用处的狄鲁迈由消灭。卡缪对两兄弟这种连自己的同伙也不放过的卑鄙行为感到十分愤怒，冲上前欲杀之而后快，此时多蒙却叫住了他告诉他不能失去理性且教会了卡缪明镜止水的奥义，随后卡缪发动Z高达的HYPER模式用超大光剑将两兄弟KO，从此卡缪就多了能使Z高达HYPER化的ID。
将剩余敌人全灭后OZ宣布投降。AA号收到讯号，有大量的舰队正在前往吉恩军的所罗门要塞，于是玛琉舰长和雷比尔将军决定到所罗门去看看加米托夫到底在玩什么花样。阿纳海姆公司又造好了新的MS，妮娜想叫阿姆罗去进行试飞。