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第十六关：光之宇宙：A swan will pass away……
0079中的悲剧重现，阿姆罗在试飞时夏亚和拉拉(ララァ)到来，和拉拉战斗两次后就会发生事件，拉拉替夏亚挡下了致命的一击……拉拉死后，阿姆罗和夏亚都陷入无比的痛苦中，这时基西莉亚的部队来到，夏亚归队重新开始攻击，所幸我方舰队即时赶到，玛琉舰长下令以保护阿姆罗为最优先全员出击。
一开始不要让阿姆罗走得太左边，不然当他是友军状态时可能会有危险。当我方可以行动时，应马上让吉良上前与阿姆罗交信，在吉良的鼓励下阿姆罗振作起来复归战线。零如果有上场的话，让他和敌人中的NT-001交火会发生对话，随后就可以交信说得。再一次击倒夏亚后他会离去。击毁基西莉亚的战舰后，基西莉亚刚想逃走，不料西玛(シ—マ)舰队却出现，西玛是奉吉恩军总帅吉伦(キレン)的命令来除掉基西莉亚的。在基西莉亚化做宇宙中的尘埃之后，西玛就准备要清理现场了。
西玛小队的MSド—ベンウルフ不错，最好是能让其散开后抓一两部回去，全灭敌人后即可过关。
AA舰队继续向所罗门而去，在另一边，福罗斯特兄弟又和西玛联手了。在所罗门那边，阿斯兰也做为ZAFT的援军参加所罗门防卫战。
第十七关：所罗门攻略战?Prepare for the Big Devil
在前线部队战斗得水深火热之时，加米托夫却在后方下达了用太阳反射激光连同己方部队一起消灭掉的命令，这样一来他在联邦军之中就没有敌手了。此时AA舰队到达，我们的目标就是一方面阻止反射激光照射，一方面保护友军不被全灭。
一开始穆和吉良就出现在反射镜下方，先让他们上前去对付娜塔露的大天使级战舰，这艘舰就是整个反射系统的控制舰(注意它和大天使号一样有ラミネ—ト装甲，一定要用实体武器攻击，TURN A高达的最后一个武器就不错)，击破它后，为了能彻底毁坏反射镜，娜塔露愿意牺牲自己让大天使号将自己的战舰击破来引发爆炸。情非得已，玛琉只好下令主炮发射……将反射激光成功破坏后，恼羞成怒的加米托夫派出巴斯克的舰队在地图右方登场欲直接将我军扫荡干净，而大好人亚赞又给我们带来了一部MK5……击破巴斯克的战舰后加米托夫也与舰同亡了。在所罗门的另一面，让宏和卡特交战会有对话发生之后就可以交信，但是这次还是不能说得他的，所以还是击落他吧。将吉恩军消灭到只剩五机的时候，阿斯兰作为敌增援在所罗门右边登场，可是他却不想在受库鲁泽的摆布，库鲁泽因此而要将其除掉。
阿斯兰虽说发动了SEED，可是在强大的自由高达面前还是撑不了多久，所以玩家在引发这一事件之前一定要让穆和吉良赶到所罗门附近(可以用母舰来载)，当然阿斯兰出现后可以用吉良交信，然后再用吉良将其击坠就可。穆和吉良同库鲁泽交战时都有对话，击破自由高达后，库鲁泽终于也“壮烈”了……全灭敌人后，守卫所罗门的多兹鲁(ドズル=ザビ)中将驾驶着グロムリン在所罗门中央出现，卡特也在所罗门右边复出，不过现在已经没什么对话了，直接击到他们就可以。所罗门陷落，多兹鲁战死，这下吉恩军就实力大减，而ZAFT也失去了库鲁泽，这么说故事是不是就要结束了呢……
本以为事情已经结束了，可没想到突然收到了一个震惊的消息，夏亚恢复他原来的名字加斯巴鲁?戴肯(キャスバル=ダイクン)并且成立新吉恩对地球联邦宣战，而且新吉恩舰队已经向LUNA2进军欲夺取储存在LUNA2的核兵器，玛琉舰长向雷比尔将军请求让AA舰队先行前往LUNA2。J元士回收了在战斗中损坏的自由高达并加以修理，下一关开始就能让吉良乘坐了，其阿斯兰也会加入我方。与此同时，在宇宙中，福罗斯特两兄弟不知又在计划着什么……
第十八关：从梅比乌斯之轮而来?Beyond the time
新吉恩舰队正要开始进攻LUNA2的时候我军到来，玛琉舰长向夏亚说明了一切，并希望停止无意义的战斗，但夏亚还是坚持已念，所以这一战是非打不可了。
开始战斗后我军不要急于接近敌人，因为敌人的前锋有能使用浮游炮远程攻击的机体，应该要将敌人引诱过来再加以消灭。第二回合原吉恩军的王牌“白狼”松永真(シン?マツナガ)和“红色闪电”乔尼在地图左上以第三军身份出现。当阿姆罗和夏亚交战时会有对话，随后再用阿姆罗将夏亚击倒就会发生两人的决斗事件，不过在阿姆罗即将给夏亚致命一击时，拉拉的灵魂之光却出现了，夏亚感应到了拉拉的心意，决定先暂时于AA舰队共同战斗，此时所有剩下的新吉恩军都转变为友军。干掉白狼和红色闪电后，基里乘坐着完成型的グロムリン?フォズィル出现，并一击就将新吉恩舰队扫干净，他还希望爱娜能回到他身边，当然爱娜再一次拒绝了他。
基尼阿斯的MA有九千HP，现在就是大家秀必杀技的时候了，闪光高达的黄金指剑，X高达的月光炮，Z高达的突击……别忘了最后一击要让西罗和爱娜来，击倒基尼阿斯后他会复活并且离去，原来他在MA身上运用了ULTIMATE高达的细胞，所以是会无限再生的。
过关后，雷比尔将军认为一定要消灭挑起这场战争的源头--吉恩军总帅吉伦?扎比，而夏亚也有相同的想法，所以他愿意让新吉恩军和AA舰队共同作战，并且还将自己的战舰送于AA队，此时可以决定是否让夏亚担任舰长，选第一项是让夏亚担任舰长，第二项是让西拿普斯舰长来担任。
第十九关：宇宙要塞阿?保阿?库?Sunset at Zeon
战斗开始前，吉伦的父亲迪金公王想和雷比尔将军议和，而吉伦却已经把卫星炮对准了父亲的舰队……迪金公王和雷比尔将军都葬身在闪光中……
AA舰队来到了吉恩军最后的阵地--宇宙要塞阿?保阿?库，而吉伦也准备好了盛大的欢迎式，而卡特也在其中。敌人分布在三个方向，我方只要让一队去攻击上方的敌人，其余的由中路进攻就可以了。白狼和红色闪电被打倒后都会再复活一次，而西玛被打倒后会撤退。让宏将卡特的HP减到三分之二以下时会发生剧情，卡特又会补满HP，再用宏将他击倒就会有对话，宏没有给予卡特最后一击，而是说服卡特不要再互相争斗而应该去面对真正的敌人。全灭了地图上的敌人后，吉恩军总帅吉伦亲自出马，而且基尼阿斯也在场，但基尼阿斯却因为吉伦曾经下令中止他的阿布萨拉斯开发计划而记恨着吉伦，随后基尼阿斯就将吉恩军舰队消灭。福罗斯特出现后想要将他们认为已经无用的吉伦消灭时基尼阿斯却朝他们开火了，数次对着自己的同伴开火的两兄弟也尝到了被同伴背叛的滋味。
グロムリン一击将阿?保阿?库打成两半。面对拥有如此强大火力和无限再生能力的敌人，众人都感到十分担心，而J元士却鼓励大家说，无论它能怎样再生，只要我们不停地攻击，总能将它完全消灭的，于是众人重新拾起信心准备最后一战。刚才在战场中消失的卡特也来要求加入，我军又添了一份强大的战力。
最终关：狂妄与执着一同结束的时候?The end of ambition
终于来到最终关了，一开始迎接我们的是西玛舰队，全部消灭后就是基尼阿斯本人登场的，他带的部队实力较强，都是大型MA和能防御远程攻击的MD，玩家最好先消灭这些敌人后再专心和基尼阿斯交战。基尼阿斯的ID能大幅增强他的能力，而且还能复活两次，第二次复活后卡修元士会出现，他会告诉我们如何才能打败基尼阿斯，原来在グロムリン身上的ULTIMATE细胞是不完全的，它是根据操纵者的意志来增强机体的能力的，只要以高过基尼阿斯的战斗意志来攻击的话，就能让ULTIMATE细胞停止活动。然后只要让多蒙攻击基尼阿斯就可以引发剧情，在闪光高达的一击下，グロムリン?フォズィル的再生机能完全失效了，集合所有的力量进行最后一次攻击吧。最后一次击倒グロムリン?フォズィル后它的外部武装脱落，露出了里面的グロムリン，最后再将其击破，战争结束了，世界清静了，基尼阿斯也在火光中化为灰烬……
一年战争结束，吉恩公国改名为吉恩共和国，PLANT也重回联邦军管理之下，但是故事还是没有完全结束，我们的独立舰队被任命去扫讨吉恩和OZ的残党，杰库斯正准备要进行地球肃清行动，还有很多的事等着玩家去解决呢……
通关后可以接记录继续玩，不过现在只能索敌，隐藏关也会在索敌战斗之后出现，那么，继续奋战吧各位!